Đỗ Bảo giành được rất nhiều giải thưởng cá nhân khác nhau theo suốt sự nghiệp âm nhạc của mình. Album Nhật thực (2002) mà anh trực tiếp hòa âm phối khí tạo được tiếng vang lớn, sau đó được VTV chọn là "Sự kiện văn hóa tiêu biểu" của năm 2002. Chuỗi chương trình 'Gió bình minh' mà anh cộng tác cùng nhạc sĩ Nhất Lý cũng có được thành công lớn, trở thành "Sự kiện văn hóa tiêu biểu" của năm 2006. Cũng trong năm này, anh được trao cúp "Nhân vật thành đạt của năm". Đặc biệt, Đỗ Bảo là nghệ sĩ đầu tiên giành cú đúp tại Giải thưởng Âm nhạc Cống hiến với "Album của năm" và "Nhạc sĩ của năm" vào năm 2009 với album Thời gian để yêu (2008). Anh lập lại thành tích này vào năm 2014 với album Chuyện của mặt trời – Chuyện của chúng ta (2013). Ngoài ra còn rất nhiều giải thưởng hòa âm phối khí từ chương trình Bài hát Việt. Trong chương trình tôn vinh Men of the Year do báo Thể thao & Văn hóa và tạp chí Đàn ông phối hợp tổ chức vào đầu năm 2014, Đỗ Bảo được trao giải "Nhạc sĩ của năm"[140][141]. Anh cũng có nhiều thành công tại Hội diễn nghệ thuật chuyên nghiệp toàn quân, ví dụ như chương trình 'Giữa ngàn tinh tú' đạt giải Đặc biệt năm 2008, hay nhạc múa "Vũ điệu Hương giang" đạt Huy chương Vàng năm 2014.